Enzo kemudian bergabung dengan River Plate Academy pada tahun 2006.
Setelah hampir 13 tahun di akademi River Plate, Enzo akhirnya dipromosikan ke tim utama oleh pelatih Marcelo Gallardo.
Berikut adalah riwayat lengkap perjalanan karir Enzo Fernandez:
2019 (River Plate)
Setelah lulus akademi, Enzo dipromosikan ke tim utama River Plate.
Meski lolos ke tim utama, Enzo baru mulai bermain untuk tim utama River Plate pada Maret 2020, saat ia dipinjamkan ke klub Defensa y Justicia.
2020-2021 (Defensa y Justicia)
Enzo Fernandez dipinjamkan ke Defensa y Justicia selama dua musim.
Bersama Defensa, Enzo sukses menjuarai Copa Sudamericana 2020 dan Recopa Sudamericana 2021.
2021 (River Plate)
Setelah masa pinjamannya habis, Enzo kembali ke tim utama River Plate.
Enzo membuat total 40 penampilan untuk River Plate, mencetak 10 gol. Enzo bisa dikatakan menjadi salah satu pemain kunci tim juara Divisi Satu Argentina itu.
2022 (SL) Benfica) Klub Portugal S.L.
Benfica telah menyadari potensi Enzo Fernandez, yang bermain untuk River Plate. Ketertarikan ini diterima dengan baik oleh Enzo sendiri.
Pada 23 Juni 2022, Benfica mengumumkan Enzo Fernandez sebagai pemain baru.
Benfica mengakuisisinya dengan harga relatif murah yakni 10 juta euro plus premi 8 juta euro.